24 августа 2005 года Денилсон покинул «Бетис» и заключил однолетний контракт с «Бордо». До завершения его 11-летнего контракта с «Бетисом» оставалось четыре года. Он решил сменить клуб, желая набрать оптимальную форму и попробовать пробиться в состав сборной Бразилии в преддверии ЧМ-2006 после 2,5 лет перерыва в выступлениях за сборную. Впрочем, вернуться в состав «селесао» ему было не суждено. Тем не менее, в составе «Бордо» он провёл неплохой сезон, заняв второе место в чемпионате Франции и играя в основном составе. Однако на второй сезон во Франции Денилсон не остался, не сумев найти общего языка с руководством клуба, не желавшим идти на уступки игроку в вопросе заработной платы.